关于这个逻辑，我个人觉得软件是没问题。某个零件可能用于多个装配，但它在不同装配下，实体形状特征并没有不同，不同之处就像你说的颜色不一样。难道在这种情况下，还要为这个零件创建不同的颜色版本？所以非实体特征状态在装配里覆盖本体生效，本体零件保持默认状态，我认为是很合理的设计。
然后你要批量更改原零件颜色，这只能做二次开发，依靠外挂实现，原生NX没有这样的功能。个人觉得学习UG，还是需要稍微了解些二次开发方面的知识，至少会简单录制一些宏。
刚刚试了下燕秀的设置对象颜色还真是哎 可以在装配环境里面直接改变实体的颜色不用在新窗口修改实体颜色 学到了